Програма спеціалізації „Центральна Європа в історії: від багатонаціональних монархій до Вишеградської співпраці” складається з двох груп модулів – навчальних модулів і дослідного модуля.
Навчальні модулі охоплюють перші два семестри і присвячені вивченню ключових проблем модерної Центральної Європи з особливим наголосом на пам’яттєвих студіях. Курси цих модулів (по два в кожному модулі) запропоновано в послідовності, яка передбачає почерговість їхнього проходження. Курси навчальних модулів є обов’язковими дисциплінами магістерської програми і завершуються письмовими іспитами.
Дослідний модуль триває чотири семестри з визначенням успішності на основі поточного контролю. У ньому студенти мають можливість здійснювати власні дослідні проекти в галузі модерної центральноєвропейської історії, розробляти відповідну методологію та формулювати теоретичні засади. Дослідний модуль включає магістерський семінар у перших трьох семестрах та індивідуальні консультації в останньому з метою максимального сприяння студентам у підготовці їхніх наукових робіт. Магістерський семінар міститиме принаймні один воркшоп у кожному семестрі, в якому студенти мають представити свої напрацювання, перш ніж модуль вважатиметься складеним.